Linux-Grundlagen und Skripting für die Bioinformatik

Ärzt:innen und Biolog:innen sehen sich zunehmend mit großen Datenmengen konfrontiert, die nicht mehr „von Hand“ analysiert werden können. In vielen Forschungsbereichen stellt die Bioinformatik sowohl allgemeine als auch spezifische Algorithmen in Form von Softwarepaketen bereit, die die Interpretation von Daten erleichtern oder vertiefende Analysen ermöglichen.

Bioinformatik-Software verfügt häufig nicht über eine benutzerfreundliche grafische Oberfläche. Der Erfolg von Programmen wie BLAST oder BWA zeigt jedoch, dass dies kein Hindernis sein muss. Die Arbeit mit Kommandozeilen-Tools mag auf den ersten Blick kompliziert erscheinen, bietet aber hervorragende Möglichkeiten, wiederkehrende Aufgaben und Analyseschritte zu automatisierten Pipelines zusammenzufassen.

Ziel des Workshops „Linux-Grundlagen und Skripting für die Bioinformatik“ ist es, den Teilnehmenden die Grundlagen für die automatisierte Anwendung von (bioinformatischen) Programmen zu vermitteln. Interessierte Biolog:innen und Ärzt:innen sind daher zu einem praxisorientierten Präsenzworkshop eingeladen. Anhand gängiger bioinformatischer Tools lernen die Teilnehmenden die Linux-Umgebung und die zugehörigen Werkzeuge kennen und erstellen eigene Shell-Skripte.

Am letzten Workshoptag werden die Grundlagen des Job-Schedulers Slurm behandelt, insbesondere dessen Nutzung auf dem HZI-Cluster. Die vermittelten Inhalte sind jedoch auch allgemein auf andere Slurm-basierte Systeme übertragbar. Darüber hinaus besteht die Möglichkeit, eigene bioinformatische Fragestellungen mitzubringen und zu diskutieren.

Bitte beachten Sie, dass der Kurs in erster Linie dem Aufbau praktischer IT- und Programmierkenntnisse dient. Bioinformatische Tools werden dabei im Rahmen einer Übung als Anwendungsbeispiele eingesetzt. Die Vermittlung bestimmter bioinformatischer Tools oder Methoden ist hingegen nicht Ziel des Kurses.

Für die Teilnahme sind keine Linux-Vorkenntnisse erforderlich.

Alle Teilnehmenden erhalten die Kursmaterialien sowie eine Teilnahmebescheinigung. Idealerweise bringen die Teilnehmenden einen eigenen Laptop mit. Dies ist jedoch keine zwingende Voraussetzung.

Sprache
Englisch

Registrierung
Anmeldeschluss: 28.10.2026
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Wissenschaftliche Leitung
Gary Robertson
Sama Goliaei
Zhi-Luo Deng

Kontakt
Carmen Paulmann
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